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一、分公司能不能对外签署协议？
分公司是总公司的分支机构，法律上并非完全独立的法律主体，经营上通常是相对独立的经营主体；当然实务中也有只承担某一项经营职能，如仓储、营销等单一职能，而不是全面从事经营活动的分支机构。但大多数的分支机构设立的意义和价值就在于能够作为相对独立的经营主体存在。
即使是独立从事经营活动的分公司，也不是独立的法律主体，不具有独立承担民事权利和民事义务的能力，因此严格来讲，不能够独立对外签署协议，应由总公司签署协议，交由分公司负责实施。但实务中也出现诸多分公司直接签署协议的情况，建议拿到总部授权签署协议的手续。
二、分公司是否单独建账，独立核算，独立收款？
分公司的重要风险点在于是否独立核算的选择，一般独立经营某项业务或某个区域业务都应当独立核算，否则不需要独立核算，而这也成为分公司后续财税实务的重大分水岭。站在税务机关角度，独立核算与否非常关键。
非独立核算分公司意味着不独立从事经营活动，通常只是总部的一个部门业务的延伸，这样的话不需要独立核算，自然不存在单独财税实施的问题，增值税和所得税都回到总部统一缴纳即可；税务机关不喜欢非独立核算分公司的原因正在于此。
独立核算分公司是分公司运营的主流，至少占分公司数量八成以上。，自然应当会计上单独建账，单独核算自身收入、成本、费用，形成自身会计利润；但不需要核算实收资本项目，总公司给分公司的启动资金只需要同总公司形成往来即可。
独立核算分公司通常应该有独立账户，针对自身业务独立收款或独立对外支付款项，实务中如果总部统一收款或总部统一对外支付款项亦可，不违背三流合一原则，但需要在协议中注明资金支付的细节。
三、分公司如何缴纳增值税？
独立核算分公司应在分公司注册地税务机关单独交纳增值税，形成独立的增值税纳税主体，这同样带来一个重要问题：分公司和总公司之间资产、产品的调拨将会涉及增值税视同销售问题，比如说，总公司将车辆拨给分公司使用，按照现行增值税要求需要视同销售，总公司确认销售收入和销项税，分公司确认资产和进项税，但实务中一片混乱，大多数公司将资产调拨给分公司使用并未按照增值税要求视同销售，直接拿过来用，当然从终增值税的结果来讲是平衡的，但按照税法规定并不规范。
非独立核算分公司通常并不独立从事经营活动，这样的话就不可能有自己的收入，也不存在独立缴纳增值税的问题，将它理解为总部的一个外派部门好了。
四、分公司如何缴纳企业所得税？
这是一个复杂而头疼的问题。还是先说说简单的非独立核算分公司，既然不独立从事经营活动，也没有自己独立归集的收入、成本和费用，当然不存在独立交税问题，不涉及企业所得税，而是将支出并入总部统一计算应纳税所得额，在总部所在地税务机关正常申报缴纳企业所得税。
独立核算分公司独立经营，独立建账，独立缴纳增值税，但仍然不是独立的所得税纳税主体，我们国家的企业所得税纳税主体严格遵照法人制的标准执行，因此计算所得税依然需要整个企业（包括总公司和所有分公司）统一合并计算，然后分为两种情况区别对待：
——省内分公司除有特殊规定之外，应直接回到总部统一缴纳企业所得税；
——跨省分公司应将全部应交所得税在总部和分公司之间进行分割，总部50%，所有分公司再分配缴纳剩余50%。分公司之间要按照上年度分支机构的营业收入、职工薪酬和资产总额三个因素计算各自应分摊缴纳的企业所得税，具体计算非常繁杂，此处略去。
实务中大的麻烦是各地税务机关可能为了税源的需要，常常要求分公司直接在当地缴纳所得税，按照税法的基本要求肯定是不可以的，但实务中较为常见，企业在税务机关的夹缝中也颇为无奈。
五、分公司的法律责任和风险能否自行承担？
分公司不是独立的法律主体，在法律上不能脱离总公司独立存在，出现风险也会100%传递给总公司，同总公司之间是一种风险的无限连带责任；如实务中分公司债务必然导致整个公司出现风险甚至账户查封。因此，设立分公司一定要小心风险问题，尤其是很多联营或者挂靠状态下的分公司，实际处于失控状态，出现风险总部不得不全部兜底，得不偿失。
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